只見駅行きでは会津桧原駅から約2分後、会津若松駅行きでは会津西方駅から約2分前に通過するアーチ型鉄橋「第一只見川橋梁」は、只見線を代表する景観のひとつ。渓谷美と山桜、青葉、紅葉、雪景色と山々が織りなす四季折々の風景、S字にカーブしながら悠然と流れる只見川が水鏡となって川面に写る風景や、水面から川霧が立ち橋梁を包む景観を只見線が走り抜けます。「道の駅尾瀬街道みしま宿」から徒歩で10分ほどの「第一只見川橋梁ビューポイント」では、鉄道と自然が織りなす絶景を撮影しようと列車の通過時刻に合わせて、多くの写真愛好家が訪れています。

早戸駅近くの金山町と三島町にまたがる只見川の渓谷は季節に応じた絶景が望めます。冬は雪に覆われた山々が水面に反射し、凛とした自然の佇まいを見せてくれます。また、夏の朝晩には川霧が漂い、その幻想的な雰囲気から「霧幻峡（むげんきょう）」と呼ばれます。さらに、かつて存在した「三更（みふけ）集落」の住民が、対岸に渡る唯一の交通手段としていた渡し舟の「霧幻狭の渡し」を、春から秋のレジャーとして楽しめます。

会津川口駅近くの、只見川の水面の先に広がる「大志集落」の周辺では、雄壮な山々と川沿いの集落が只見川に反射する絶景が見られます。会津川口駅は、只見川が眼前に広がる風景が船着き場を思わせるということから、2002年「東北の駅百選」にも選ばれている名勝地のひとつ。また、駅から徒歩約10分の「奥会津ビューポイントかねやまふれあい広場」は、只見線、只見川、大志集落を一度に堪能できるフォトスポットです。