「感性にふれる」をコンセプトに、水族館、動物園、美術館を融合し、自然や生きものをより身近に感じられるニフレル。館内は「多様性」をテーマに8つのゾーンに分かれており、生きものと空間全体をひとつのアートのように表現しています。「いろにふれる」ゾーンは、13の水槽に赤・青・黄色など色鮮やかな魚たちが泳いでいます。空間はゆるやかに7色に変化しているので、ゾーンの世界観に引き込まれます。「およぎにふれる」ゾーンは、暗がりの水槽の一部に光をあて、魚たちの影と水の波紋で不思議な空間を生み出しています。「うごきにふれる」ゾーンでは、カピバラやワオキツネザル、インドクジャクなどさまざまな生きものが行き交う姿を間近に見られます。

「水と共につながる、いのち。」をコンセプトに、川の源流から海へいたるつながりと、水を通じて多くのいのちが共生する生態系を再現しています。京都府内を流れる鴨川や由良川の生態系を表現した「京の川」エリアでは、国の特別天然記念物で生きた化石とも呼ばれるオオサンショウウオのリアルな生態を間近に楽しめます。約500tの人工海水を利用した「京の海」大水槽には、マイワシの群れやアジ、エイやサメの仲間などおよそ50種の多種多様な京の海（日本海）の生きものがいて、海中に差し込む光のなかをゆったりと泳いでいます。約30種5000匹のクラゲが展示されている「クラゲワンダー」のパノラマ水槽「GURURI」では、360度水槽に囲まれた空間で、クラゲと一緒に浮かんでいるような浮遊感を味わえます。